Официально днем рождения липецкой команды мастеров является 2 мая 1957 года. В этот день сильнейшие игроки нашего региона в Липецке сыграли товарищеский матч со сборной Воронежской области.

В 1957-1960 гг. клуб выступал под названием «Трудовые резервы»; с 1961 по 1965 – «Торпедо»; с 1966 г. – «Металлург».

В 1972 году липчане под руководством тренера Виктора Белова стали победителями турнира в 3-й зоне второй лиги, а затем, не потерпев ни одного поражения в финальном турнире (2 победы, 3 ничьи) завоевали путевку в первую лигу.

1973 год стал самым успешным для «Металлурга» в советский период. Поначалу липчан не воспринимали всерьез, и «темная лошадка» первенства по ходу турнира начала обходить признанных фаворитов. «Металлург» находился в лидирующей группе, одерживал одну сенсационную победу за другой. В частности, в гостях металлурги обыграли будущего победителя турнира — одесский «Черноморец» со счетом 1:0. Под конец чемпионата команда немного притормозила и завершила сезон на 5-м месте – наивысший результат липчан в чемпионатах СССР.

В следующем 1974 году «Металлург» не сумел удержать завоеванных позиций и выбыл обратно во вторую лигу. На финише сезона липчане проиграли в Ашхабаде местному «Строителю» — 0:9.

Расплата получилась жесткой: в 1975-1978 гг. команда временно была вынуждена сменить название на «Новолипецк» и лишь с 1979 года вернула прежнее наименование «Металлург».

В 1985/86 годах липчане добились своего лучшего достижения и в Кубке СССР. Чуть ли не весь город пытался попасть на игру «Металлурга» с клубом высшей лиги ереванским «Араратом», в котором хозяева отстояли победу – 1:0 и прошли дальше. Героями той встречи стали мастерски реализовавший штрафной удар Александр Игнатенко и голкипер Олег Лаврушин, вытащивший несколько «мертвых» мячей. Наша команда дошла до четвертьфинала, где весной 1986 г. уступила – 0:3 ленинградскому «Зениту», добившемуся, чтобы матч проходил в городе трех революций в манеже с искусственным полем.

После распада СССР «Металлург» в 1992 году был включен в зону «Запад» первой лиги, а после реформы российского футбола в 1994 г. оказался во втором дивизионе.

Новый успех ждал команду во второй половине 90-х. В 1996 г. собранный Юрием Шишловым состав добился выхода в первый дивизион, а годом позже «сталевары» показали лучший результат в чемпионатах России. Тогда «Металлург», в котором блистали Игорь Меньщиков, Олег Стогов, Милан Ловре, Александр Елисеев и другие, занял 2-е место в первой лиге. Это был единственный случай в истории, когда 2-е место не давало права выхода в высшую лигу (ныне РПЛ), поскольку из-за очередной реформы российского футбола в 1997 году наверх выходила только одна команда, которой в итоге стал элистинский «Уралан».

В 2000 году «Металлург» вернулся во вторую лигу, и на протяжении следующего десятилетия курсировал между вторым и первым дивизионами. Последний раз в этот период в первой лиге липчане выступали в 2009 году.

С 2010 по 2021 год команда выступала в зоне (группе) «Центр» второго дивизиона, за это время несколько раз завоевав бронзовые и серебряные медали турнира.

По итогам сезона 2020/21 команда вернулась в Первый дивизион (ФНЛ) спустя 12 лет, но, заняв предпоследнее 19-е место в сезоне-2021/22, вылетела обратно во вторую лигу.

Перед началом сезона 2022-23 в команде сменился главный тренер. Сергей Машнин, руководивший «Металлургом» с 2009 года, перешел на административную работу в клубе, уступив свое место Сергею Первушину.

В 2022 году руководство региона поставило перед командой и новым главным тренером задачу вернуться в Первый дивизион в течение двух ближайших сезонов.

21 августа 2023 года курировать спортивную работу в футбольном клубе «Металлург» назначен Андрей Овчинников. Андрей Александрович провел 15 сезонов в «Металлурге». После окончания футбольной карьеры работал с молодыми футболистами в «Металлурге-М».

22 сентября 2023 года Сергей Первушин досрочно покинул пост главного тренера «Металлурга».

27 сентября 2023 и.о. главного тренера команды был назначен Сергей Машнин. В этот же день клубу представили технического директора — Вадима Банных. Вадим Николаевич — член президиума областной федерации футбола Липецкой области, учредитель и руководитель липецкого футбольного клуба «Сокол».